Η διαδικασία της «αξιολόγησης» ως είδος δράσης που εντάσσεται στη διασφάλιση ποιότητας, εφαρμόστηκε από το 2008 έως το 2016 σύμφωνα με τις διατάξεις του ν.3374/05 και στη συνέχεια αντικαταστάθηκε από την πιστοποίηση όπως αυτή ορίστηκε από τον ν.4009/11. Ειδικότερα η «αξιολόγηση» είχε δυο στάδια : α) Την Εσωτερική Αξιολόγηση και β) την Εξωτερική Αξιολόγηση.

Η εσωτερική αξιολόγηση, αποτελούσε το πρώτο στάδιο της διαδικασίας, και είναι μία τακτικά επαναλαμβανόμενη συμμετοχική διαδικασία που διενεργείται υπό την ευθύνη της ΜΟΔΙΠ του Ιδρύματος. Πρόκειται ουσιαστικά για μια διαδικασία αυτοαξιολόγησης, που σηματοδοτεί την ταυτότητα του Ιδρύματος (ή της ακαδημαϊκής μονάδας), καθώς αποτυπώνει και αναδεικνύει όλα τα χαρακτηριστικά της λειτουργίας του (της), θετικά και αρνητικά, και καταγράφει τους στόχους (της). Η διαδικασία εσωτερικής αξιολόγησης περιελάμβανε σύνταξη της Έκθεσης Εσωτερικής Αξιολόγησης, η οποία εγκρίνεται από τη διοίκηση του Ιδρύματος (ή της ακαδημαϊκής μονάδας) και αποστελλόταν στην ΑΔΙΠ για να ακολουθήσει, στη συνέχεια, η διαδικασία της εξωτερικής αξιολόγησης.