Η Μονάδα Διασφάλισης Ποιότητας (ΜΟΔΙΠ) είναι το κεντρικό όργανο για το συντονισμό και την υποστήριξη των διαδικασιών διασφάλισης ποιότητας του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας, μέσω του Εσωτερικού Συστήματος Διασφάλισης Ποιότητας (ΕΣΔΠ). Το Σύστημα Διασφάλισης Ποιότητας του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας έχει σκοπό την ανάπτυξη κουλτούρας ποιότητας στην ακαδημαϊκή κοινότητα, ώστε να μπορεί να μεταδίδει την γνώση με αποδοτική διδασκαλία και να παράγει υψηλής στάθμης τεχνογνωσία με καινοτόμο έρευνα. Υπό αυτό το πρίσμα και στόχο την επίτευξη της αριστείας και διεθνούς και υψηλής ποιότητας αναγνωρισμένης έρευνας παρέχεται σε επιστήμονες κατόχους διδακτορικού τίτλου η δυνατότητα διεξαγωγής μεταδιδακτορικής έρευνας σε τομείς που εμπίπτουν στα ερευνητικά ενδιαφέροντα και στα γνωστικά αντικείμενα των Τμημάτων του Πανεπιστημίου.

Η διασφάλιση ποιότητας αποσκοπεί στην ορθή αποτίμηση και κατανόηση του έργου του ΠΘ, με στόχο τη διαμόρφωση τεκμηριωμένων εισηγήσεων για λήψη μέτρων, για ίδρυση ή βελτίωση θεσμών και για τη διαμόρφωση κατευθύνσεων και στρατηγικών ποιοτικής βελτίωσης της εκπαίδευσης και της έρευνας.

Η ΜΟΔΙΠ έχει ως αποστολή, το συντονισμό του συστήματος, και τη συνδρομή προς τα Τμήματα για την καταγραφή, κατανόηση, και συστηματική αποτίμηση του έργου τους στο πλαίσιο της διασφάλισης ποιότητας και της βέλτιστης αποδοτικότητας. Κύριος στόχος είναι η πολύπλευρη ενίσχυση των Τμημάτων στην επίτευξη της αποστολής τους, στο πλαίσιο της φυσιογνωμίας και των ιδιαιτεροτήτων τους.